Kanser genomiklerindeki gelişmeler, hassas tıp için yeni olasılıkların kilidini açmıştır. Bununla birlikte, bu keşiflerin klinik olarak onaylanmış testlere dönüştürülmesi, özellikle RNA (RNA-seq) ve tüm ekzom dizilimi (WES) gibi kapsamlı araçlardan yararlanırken zorlayıcı olmaya devam etmektedir. Ekibimiz yakın zamanda bu sorunu ele alan bir doğrulama çalışması yayınladı – kanser bakımına rehberlik etmek ve ilaç geliştirmeyi kolaylaştırmak için klinik olarak onaylanmış bir yol haritası sunuyor.
RNA-seq ve Wes zorlukları
RNA-seq, transkriptom boyunca gen aktivitesini ölçen, gen füzyonlarını tespit eden ve yeni terapötik hedeflerin keşfedilmesine yardımcı olmak için tümöre özgü ekspresyon paternlerini ortaya çıkaran güçlü bir araçtır. En harekete geçirilebilir mutasyonların meydana geldiği genomun protein kodlayıcı kısmına odaklanan WES ile eşleştirildiğinde, bu kombine yaklaşım bir hastanın kanser biyolojisinin daha eksiksiz bir resmini sunar. Entegrasyon, klinisyenlerin hem DNA hem de RNA seviyesi biyobelirteçlerini tek bir tümör örneğinden ortaya çıkarmasına izin verir.
Vaatlerine rağmen, RNA-seq ve Wes neden hala klinikte nadiren kullanılıyor? Özellikle Klinik Laboratuvar İyileştirme Değişiklikleri (CLIA), New York Eyaleti Sağlık Bakanlığı (NYSDOH) ve Amerikan Patologları Koleji (CAP) gibi sertifikalar elde etmek için klinik düzenlemeler kapsamında bu tür geniş ve karmaşık deneyleri doğrulamak için çok az standartlaştırılmış çerçeve vardır. Aslında, şu an itibariyle, Amerika Birleşik Devletleri'nde gen ekspresyonu için sadece bir CLIA sertifikalı RNA-seq deneyi bulunmaktadır.
Wes benzer zorluklarla karşı karşıya. Kanserle ilgili birkaç yüz geni odaklanan küçük hedefli panellerin aksine, WES aynı anda binlerce geni analiz eder. Ancak test doğrulaması için mevcut yönergeler, bu karmaşıklık seviyesini dikkate alarak tasarlanmamıştır. Ek olarak, büyük bir barikat, kanserdeki somatik varyant çağrısı için sağlam referans örneklerinin olmamasıdır – genel olarak, çeşitli seyreltilerde normal DNA'dan oluşan mevcut referanslar, özellikle subklonal mutasyonları veya kopya sayısı değişikliklerini tespit etmek söz konusu olduğunda, tümörlerde görülen değişkenliği yeterince yansıtmaz.
Önerilen çözüm: klinik olarak doğrulanmış bir entegre bir test
Bostongene'de, tümörleri eşleştirilmiş normal doku ile birlikte profillemek için tasarlanmış entegre bir RNA-seq ve WES deneyi olan tümör Portre ™ testini geliştirdik. Bu deneyi bugüne kadarki en kapsamlı yaklaşımları kullanarak doğrulamak için yola çıktık ve RNA-seq tabanlı bileşenler de dahil olmak üzere birleşik yaklaşım için CLIA, CAP ve NYSDOH onayları ile sonuçlandı.
Doğrulama çerçevemizin temel sütunları:
-
Titiz bir doğrulama çerçevesi oluşturmak
Üç aşamalı bir doğrulama işlemi oluşturduk:
- Bilinen referans materyalleri ile teknik kıyaslama
- Diğer klinik yöntemlerden elde edilen sonuçları kullanarak dikey karşılaştırma
- 2.230 kanser hastasından elde edilen veriler kullanılarak gerçek dünyadaki doğrulama
-
Genomik referansları genişletmek ve paylaşmak
3.042 küçük mutasyon (SNVS/Indels) ve GitHub'da bulunan beş hücre hattında yaklaşık 50.000 gen amplifikasyonu/delesyonu ile büyük bir genel referans veri kümesini seçtik. Bu veri kümesi, karmaşık testleri doğrulamak için yeni bir ölçüt ayarlar. -
Zorlu örneklerden gen ekspresyonunu doğrulamak
Gerçek dünya klinik örneklerinin çoğu, genellikle RNA'yı bozan formalinle sabitlenmiş parafine gömülü (FFPE) dokudan gelir. Gen ekspresyonu sonuçlarında yüksek doğruluk (korelasyon katsayısı = 0.97) ve tekrarlanabilirlik (1 TPM'de <% 3.6 varyasyon katsayısı) gösterdik - yetersiz koşullar altında bile sağlamlığı doğruladı. -
Gerçek dünya etkisi sunmak
2.230-hasta kohortumuzda, tümörlerin% 98'inde en az bir eyleme geçirilebilir mutasyon vardı ve hızla büyüyen bir kanser tedavisi sınıfı olan antikor-ilaç konjugatlarına (ADC) bağlı% 89 aşırı eksprese edilmiş hedefler vardı. Bu, entegre tahlilin klinik potansiyelini sadece teşhislerde değil, terapi seçiminde de göstermektedir. -
İfadenin ötesinde RNA-seq
Ayrıca RNA-seq'in DNA tabanlı mutasyonları ve hatta Wes'in tek başına kaçırabileceği mutasyonları doğrulamaya yardımcı olabileceğini kanıtladık. RNA-seq tarafından bulunan ilgili protein kodlama mutasyonlarının% 50'sine kadar WES algılama eşiğinin altındaydı. İki platform arasındaki bu sinerji her ikisini de güçlendirir.
Sonuçlar: İleriye bakmak
Çalışmamız, RNA-seq ve WES'i gerçek dünyadaki uygulama için gerekli doğrulama titizliğine sahip klinik iş akışlarına entegre etmek için bir plan sunmaktadır. Hedefli paneller yararlı kalırken, kanserin karmaşıklığı genellikle daha geniş araçlar gerektirir-ve RNA-seq ve WES birlikte bu kapsamı sağlar. Ancak karmaşıklıkla titiz bir doğrulamanın sorumluluğu geliyor. Çalışmamız bunun sadece mümkün değil, aynı zamanda gerekli olduğunu ve daha da güçlendirilebileceğini ve özelleştirilebileceğini göstermektedir.
Bu iyi bir başlangıç noktası. Pharma şirketleri, özellikle erken aşama denemelerinde, doğru tedaviler için doğru hastaları giderek daha fazla tanımlamaya çalıştıkça, Bostongene gibi sağlam platformlar keşif ve teslimat köprüsüne yardımcı olabilir. Paylaştığımız yönergelerin ve verilerin, sahada daha güçlü, daha güvenilir tahliller oluşturmaya katkıda bulunacağını umuyoruz – hassas onkolojiyi hızlandırıyor ve sonuçta hastalara daha hızlı daha iyi tedaviler getiriyor.
Bir yanıt yazın