EXRNAQC çalışmamız, kan toplama ve işleme değişkenlerinin hücre dışı RNA (exRNA) veya hücresiz RNA (CFRNA), analiz üzerindeki etkisini açıklığa kavuşturmaktadır. Analitik öncesi faktörleri hem küçük hem de uzun RNA'lar için benzeri görülmemiş bir ölçekte değerlendirdik. Amacımız üç kattı: yeni geliştirilen kan toplama tüplerini ve RNA saflaştırma yöntemlerini değerlendirmek için performans metrikleri sağlama ve yüksek kaliteli örnek toplama ve profilleme için standartlaştırılmış kılavuzlar oluşturma-araştırma topluluğunda kritik bir boşluğu ele almak.
Kıvılcım: Bir Beyaz Tahta Tartışması
Yolculuk 2017'de basit ama acil bir soru ile başladı: ExRNA analizlerimizi geliştirmek ve geliştirmek için kan örneklerini nasıl toplamalı ve işlemeliyiz? Analyik öncesi değişkenlerin çocukluk çağı kanseri nöroblastomundaki kan bazlı sıvı biyopsi biyobelirteç analizlerimizi önemli ölçüde etkilediğini gözlemledik-bizi yüksek kaliteli eksRNA verileri elde etmek için en iyi strateji hakkında şaşkın bıraktı. Literatürü cevaplar için ararken, laboratuvarımızın bu zorlukla yüzleşmede yalnız olmadığı ortaya çıktı. Birçok araştırma ekibi aynı sorunla mücadele ediyordu, ancak kan örneği toplama ve işleme için en iyi uygulamalar konusunda hiçbir fikir birliği yoktu. Dahili bir tartışma olarak başlayan şey, kısa süre sonra iddialı bir araştırma çabasına dönüştü – ilk kapsamımızın çok ötesine geçecekti.
Toplamda, on farklı kan toplama tüpünü, sekiz RNA saflaştırma kitini ve kan toplama ve işleme arasında üç zaman aralığını değerlendirdik. Bunu yapmak için, 1,6 litreden fazla kan topladık ve 456 hücre dışı transkriptomu karşılaştırmak için 11 milyardan fazla sekanslama ürettik. Her seferinde, gen sayısı, RNA konsantrasyonu, RNA saflaştırma verimliliği ve değişkenliği çoğaltma gibi birden fazla performans metriğini değerlendirdik. Bulgularımız, sadece bireysel kit, tüp ve işleme zamanının bireysel seçiminin değil, aynı zamanda bu faktörlerin spesifik kombinasyonunun da olduğunu göstermiştir. Çalışmamızın öngörülerini kullanarak, hem son kullanıcılar hem de kit ve tüp üreticileri için önerilerde bulunabildik.
İşbirlikçi bir çaba
Bilimsel atılımlar nadiren tek başına gerçekleşir ve bu çalışma bir istisna değildi. Sorunun karmaşıklığı, tek bir araştırmacının tek başına bununla başa çıkamayacağı anlamına geliyordu. Bunu izleyen, Oncornalab (Ghent Üniversitesi, Belçika) tarafından başlatılan büyük ölçekli bir çaba, Prof. Jo Vandesompele ve Prof. Pieter Mestdagh, ExRNAQC Konsorsiyumu altında farklı geçmişlerden araştırmacıları bir araya getirdi. Illumina, Qiagen, Promega ve Roche dahil olmak üzere birçok paydaş çalışmamızın önemini kabul etti ve bu nedenle değerlendirme için reaktiflere sponsor olmaya karar verdi. Buna ek olarak, çalışmamız birden fazla Belçikalı ve Avrupa kar amacı gütmeyen finansman ajansları tarafından finanse edildi. Bu destek olmadan, akademik bir araştırma ortamında projenin başarılı bir şekilde tamamlanması mümkün olmazdı.
Finansman sağlamak ve metodolojileri optimize etmekten deneyler yürütmeye ve veri analizi boru hatları geliştirmeye kadar, bu projenin her yönü ekip çalışması tarafından desteklendi. Çalışma, sadece test edilen ve karşılaştırılan analitik öncesi değişkenlerin sayısında değil, aynı zamanda çalışma boyunca güçlere katılan araştırmacı sayısında da öngördüğümüzü aştı. Takım kompozisyonu ve dinamiklerindeki değişiklikler de zorluklarla birlikte olsa da, çalışma ortak bir hedefin arkasında birleşirken neler yapabileceğinin ve yol boyunca birbirimizden ne kadar öğrenebileceğimizin harika bir örneğidir.
Bilimsel tanınmayı yeniden düşünmek
Akademide yayınlar genellikle üretkenlik belirteçleri olarak görülür ve kariyer ilerlemesi yazarlık pozisyonlarına bağlıdır. Yine de, bu kadar derin işbirlikçi bir proje için, tanınmanın ilk ve son yazar pozisyonlarında yoğunlaştığı geleneksel doğrusal ortak yazar modelini takip etme baskısına direndik. Bunun yerine, farklı bir felsefeyi benimsedik – bireysel övgüler üzerinde paylaşılan bilgiye değer veren biri.
Kredi (katkıda bulunan roller taksonomisi) sistemini kullanarak, her ekip üyesinin katkılarının çalışmamızın işbirlikçi doğasını yansıtarak doğru bir şekilde kabul edilmesini sağladık. Bu nedenle, bu yayın bilimin prestij yoluyla değil, açıklık, ekip çalışması ve toplu çaba ile ilerlediğini göstermektedir.
İleriye Bakış
Bu yayın bir bölümün sonunu işaret ederken, bu sadece diğerinin başlangıcıdır. Umudumuz, bu çalışmadan elde edilen içgörülerin ekzRNA alanının standartlaştırılmasına, değişkenliği azaltmaya ve sıvı biyopsi bazlı analizlerin güvenilirliğini artırmaya yardımcı olacağıdır. Ayrıca gelecekteki büyük ölçekli araştırma işbirlikleri için bir ilham kaynağı olduğunu umuyoruz.
Dolayısıyla, bu yolculuğa katkıda bulunan herkese – ister deneyler yaparak, verileri analiz ederek, içgörü sağlayarak veya projeyi herhangi bir şekilde destekleyerek – bu başarı hepimize aittir.
İşte ekip çalışması, azim ve paylaşılan bilimsel ilerleme arayışına!
Bir yanıt yazın