Ididaps araştırmacıları, araştırma merkezi Barcelona Klinik Hastanesi, Evrimsel kanser tarihinin nerede bulunduğunu keşfettiler: epigenomda. Ve ayrıca bu bilgilerin nasıl deşifre edileceği. 'Doğa'da yeni yayınlanmış olan bu soruşturmanın başında ve bu, kansere karşı bilgi (ve mücadele) için bir adımdır. Iñaki Martín-Subero (Pamplona, 1975), biyomedikal epigenomik ididaps grubunun.
Epigenetik nedir?
DNA'nın, genlerin ekspresyonunu değiştirmeye izin veren, DNA'da herhangi bir mutasyon veya değişim olmadan bunları aktive etmenize veya etkisiz hale getirmeye izin veren bir kısmıdır. Bazı genlerin okuma ve ifade etmesine neden olan bir anahtar gibidir ve diğerleri susturulur. Ancak bu çalışmada ek bir işlev bulduk.
Hangi?
Epigenetik, evrimsel kanserin tarihini koruyan bir sistem olarak da çalışır. Kanser teşhis edildiğinde hastaneye gelir, ancak bu kanser hücreleri günlerinde bozulmuş ve büyümeye başlayan tek bir hücreden geliştirildi ve zaten klinikte gördüğümüz tümöre bölünmüştür. Klinikte gördüğümüz tümör bir günden diğerine üretilmedi, ancak herhangi bir sinyal vermeden aylar hatta yıllar boyunca sessizce büyüyor. Çünkü sadece sorun vermeye başladığında tespit edilir.
“Yöntemimiz, kanserin gizli geçmişini yeniden inşa etmenizi sağlar: bozulmuş ve büyümeye başlayan tek bir hücre olduğundan beri olan her şey”
Bu bulgu nedir?
Yöntemimiz, kanserin gizli tarihini yeniden yapılandırmaya izin verir. Yani: Bozulmuş ve büyümeye başlayan tek bir hücre olduğu için olan her şey. Bu yöntemle kanserin ne zaman büyümeye başladığını bilebiliriz.
Neden yararlı?
Çok kolay. Psikoloji örneğini verelim: Bir kişinin gelecekteki davranışının en iyi öngörücüsü nedir? Geçmişte nasıl davrandığına bakın. Kanser hücreleri ile tam olarak aynı olur. Örneğin, bu kanserin gelecekte tanıdan sonra poquito'ya çok az büyümeye devam edeceğini ve rahatsız edici bir kanser olacağını yavaş yavaş bize söylemek için üç yıldır orada büyüdüğünü bilmek. Teşhis bir fotoğraf gibidir: o zaman kanserin nasıl olduğunu biliyorsunuz, ancak size oraya nasıl ulaştığını söyleyen bilgilerden yoksun.
“Bir kişinin gelecekteki davranışının en iyi öngörücüsü nedir? Geçmişte davranışı. Kanser hücreleri ile tam olarak aynı olur”
Bu tekniği görmenize başka ne izin veriyor?
Tümör hücresel çeşitlilik üretmişse, yani tüm hücreler aynı ise veya aksine, kendi ekosistemlerini oluşturmaya başlayan hücreler ise. Hücreler ne kadar homojen olursa, onları ortadan kaldırmak o kadar kolay olur. Böylece, bu yöntemle, oldukça homojen kanserler olduğunu, diğerleri ise daha fazla çeşitlilik yarattığını gördük. Bütün bunlar kanser biyolojisi hakkında çok alakalı bir bilgidir.
“Bu yöntemle, diğerlerinden daha hızlı ilerleyen ve daha homojen ve daha çeşitli olduğunu gördük”
Matematik bu bulguda çok önemli bir rol oynamıştır.
Doğru. Sessizce büyüyen gizli kanser tarihini yeniden inşa etmek için matematiksel bir model oluşturduk. Ve gözlemlediğimiz, lösemi ve lenfomaları olan birçok hastayı analiz etmek, geçmişle ilgili bu bilgilerin çoğunun klinik ilerleme değişkenleri ile ilişkili olmasıdır. Yani, tüm bunların da çok açık bir klinik etkisi vardır. İki yönü olan bir çalışmadır: yeni bilgi ve klinik uygulama.
“Gizli kanser tarihini okumadan önce yargılanmıştı ve inanılmaz yüzler teknolojileriyle kısmen yeniden inşa edilmişti. Bunu daha yüksek bir seviyeye ve çok daha ucuz bir testle deşifre etmeyi başardık”
Ve ilk kez böyle bir şey yapılır.
Genetik mutasyonlarla gizli kanser tarihini okumadan önce yargılanmıştı ve inanılmaz yüzler teknolojileri ile kısmen yeniden inşa edilmişti. Mevcut bir teknolojinin verileri uzun zaman önce – 10 yıldan fazla – farklı bir şekilde düşündük ve bu evrimsel hikayeyi genetik değişiklikler ve çok daha pahalı teknolojilerle yapılan bir seviyede deşifre etmeyi başardık. Bunu yapmak için bir test 200 ila 300 Euro arasındadır. Bazı sekanslama veya tek hücre teknolojileri için binlerce ve binlerce avro harcanmalıdır. Bu yüzden 2.000 hastaya uygulayabildik. İlk kez kanserin evrimi ile ilişkili parametrelerin net bir klinik etkisi olduğu gösterilmiştir.
Buna ek olarak 2.000 hasta az değildir.
Doğru. Şimdiye kadar çok az örnek incelenmişti ve klinik bir etkisi olup olmadığını görmek için yeterli sayıda hasta ile bir şeyler yapılmamıştı.
“Bir sonraki adım, bu evrimsel hikayenin hasta için en uygun tedavi hakkında bilgi vermemizi sağlayıp sağlamadığını görmek”
Ve çalıştıkları bir sonraki adım nedir?
Bu tekniği farklı tümör türlerine uygulamak için değiştiriyoruz, çünkü bunun sadece lösemi ve lenfomalar için hizmet etmediğini biliyoruz. Ayrıca sıvı biyopsisi kullanmak istiyoruz: bir kan örneği ve bu teknolojiyi kullanarak, katı tümörü olan hastaların dolaşımdaki DNA'sının da tümör tarihinde bize bilgi sunup sunmadığını görün. Üçüncüsü, evrimsel tarihin en uygun tedavi hakkında bilgi vermemize izin verip vermediğini görmektir.
Bu, iki araştırmacı ekibi arasındaki ortak bir çalışma.
Bu çalışma, Londra'daki Kanser Araştırmaları Enstitüsü'nden bir grup Trevor Graham arasında mükemmel bir sinerjidir. Kanserin evrimine uygulanan matematik konusunda uzmandır ve esas olarak kolorektal kanserde çalışır. Epigenetikte, özellikle lösemi ve lenfomalarda daha fazla çalışıyoruz ve çok fazla veri ve klinik bilgimiz var. Bir araya geliyoruz ve teknolojilerini ve verilerimizi nasıl birleştireceğimizi düşünmeye başlıyoruz. Ve böylece bu yeni aracın gelişimi profillendi.
Yapay zeka tüm bunlarda herhangi bir rol oynadı mı?
Bu, yaratıcılık ve organik zekanın ağırlığa sahip olduğu bir çalışmadır. Burada yapay olmadı. Yapay zeka ana bulgularda herhangi bir rol oynamadı, size söyleyebileceğim şey, bu evrim hikayesini yeniden inşa etmek için kullandığımız aracın, verilerden öğrenen Bayesian çıkarım adı verilen istatistiksel bir yönteme dayandığıdır.
Okumaya devam etmek için abone olun
Bir yanıt yazın