Bu çalışma küresel bir Salmonella 208.233 yüksek kaliteli genom kullanan genom kataloğu. AMR'nin yüksek çözünürlüklü küresel genetik atlası Salmonella sağlandı ve AMR'nin yükselişini yönlendirebilecek sosyoekonomik ve çevresel faktörler Salmonella tespit edildi. (17 Mayıs 2025'te Nature Communications'da yayınlandı, https://www.nature.com/articles/s41467-025-59758-3).
Antimikrobiyal Direnç Sorunu Salmonella Dünya çapında
Salmonella enterika (S. bağırsak) dünya çapında gıda kaynaklı hastalıkların önde gelen nedenlerinden biridir. 2019 yılında tifo dışı Salmonella (NTS), Salmonella Tifo (S. Typhi) ve Salmonella Küresel Hastalık Yükü Araştırması'nın tahminlerine göre Paratifi dünya çapında sırasıyla 215.000, 182.000 ve 2.3300 ölüme neden oldu.1. Florokinolon dirençli S. Typhi ve NTS ile karbapenem dirençli ve 3GC dirençli Enterobakteriler 2024 Dünya Sağlık Örgütü Bakteriyel Öncelikli Patojenler Listesi'nde (WHO BPPL) sırasıyla yüksek öncelikli ve kritik öncelikli patojenler olarak kategorize edilmiştir.2. Önceki çalışmamızda bildirildiği gibi, izolat başına ARG sayısı Çin'de hem insan hem de insan dışı kökenlerde 1,84 ve 2,69 kat arttı.3. Antimikrobiyal dirençliliğe yanıt olarak Salmonella kriz, Çin Yerelini inşa ettik Salmonella Genom Veritabanı (CLSGDB v2, https://nmdc.cn/clsgdbv2) ve ~8.000 genom kullanan açık erişimli bir veritabanı olarak yayınlandı4dünya çapında 170 bin kez erişime ulaştı. Büyük ölçekli genomik veriler ve derinlemesine biyoinformatik analiz, AMR'nin dinamik eğilimleri, evrimi, aktarımı ve etkenleri hakkındaki anlayışımızı büyük ölçüde genişletebilir. Salmonella ve gerçek zamanlı salgın değerlendirme yeteneklerini geliştirin5-7. Bununla birlikte, antimikrobiyal dirençli ARG'lerin biyocoğrafik modelleri Salmonella küresel ölçekte büyük ölçüde bilinmiyor. Sosyoekonomik, iklim, çevre, finans sektörü, altyapı, sağlık, yoksulluk, ticaret ve antropojenik göstergeler ile küresel ölçekte ülke düzeyinde AMR arasındaki ilişkiler Salmonella açığa çıkmamıştır.
Yazarlar ne yaptı?
Bu çalışmada (“Küresel bir atlas ve antimikrobiyal faktörlerin itici güçleri) rezistans içinde Salmonella 17 Mayıs 2025 tarihinde Nature Communications'da yayınlanan, https://www.nature.com/articles/s41467-025-59758-3″ başlıklı “1900-2023 yılları arasında”, farklı ekolojik nişlerde, serovarlarda, dizi tiplerinde (ST'ler) AMR modellerinin zaman içindeki dinamiklerini ve evrimini araştırmayı ve antimikrobiyal dirençliliğin yayılmasına ve kalıcılığına katkıda bulunan potansiyel sürücüleri tanımlamayı amaçladık. Salmonella. Ayrıca, farklı sosyoekonomik, iklim, çevre, sağlık, kentsel gelişim ve antropojenik göstergeler ile ülke düzeyindeki AMR arasındaki ilişkileri analiz etmeye çalıştık. Salmonella.
Yazarlar ne buldu?
İlk önce yüksek kaliteli bir yapı oluşturduk Salmonella 148 ülkeden/bölgeden 208.000'den fazla Salmonella genomunu kullanan genom kataloğu (Şekil 1). WGS analizi, karmaşık ve endişe verici bir küresel durumu ortaya koyuyor. Genel olarak AMR'nin coğrafi dağılımının lokasyona, kaynağa ve serovara bağlı olarak değiştiğini bulduk. Sonuçlarımız AMR'deki hayati mekansal eşitsizlikleri vurgulamaktadır. Salmonella ve genomik sürveyans verilerinin bulunmadığı ülkeler/bölgeler için tahminler sağlayın.
Şekil 1: Küresel yüksek kaliteden yararlanmak Salmonella Antimikrobiyal dirençle mücadele etmek ve salgın yanıtlarını bilgilendirmek için genom kataloğu.
Hindistan, Çin, ABD, Brezilya, Nijerya, Şili ve Güney Afrika'da florokinolonlara duyarlı olmayan bölgesel sıcak noktalar öngörülüyordu. Fosfomisin direncinin prevalansı Güney Amerika (%16,26), Asya (%10,47) ve Kuzey Amerika'da (%9,09) diğer kıtalara (%R < %5) göre daha yüksekti. Fosfomisin direncinin bölgesel sıcak noktaları (%R>%10) Brezilya, Çin, Kanada, Şili ve Almanya'da tahmin edildi. Fosfomisin direnç oranlarının prevalansı domuzlarda, hindilerde, tavuklarda ve yiyeceklerde insanlara ve küresel ortalamaya göre daha yüksekti. MDR oranları kıtalar arasında değişiklik göstermektedir; En yüksek MDR oranı Asya'da (%50,96) görüldü ve bunu Kuzey Amerika, Güney Amerika ve Afrika takip etti ve hepsi de küresel ortalamanın üzerinde (%34,05) görüldü. Bireysel antimikrobiyal sınıflar için direnç oranlarının yaygınlığı, farklı kaynaklar arasında farklılık göstermektedir. MDR'nin konakçı sıcak noktaları (%R > %40) hindilerde, tavuklarda ve domuzlarda tahmin edildi. Hem hayvanlarda, hem yiyeceklerde hem de çevrede yüksek florokinolon duyarlılığı olmayan oranlar gözlendi. Polimiksine direnç prevalansı hindilerde (%5,87), yabani hayvanlarda (%1,29) ve domuzlarda (%1,21) %0,65'in (küresel ortalama) üzerindeydi. Makrolidlere karşı direnç prevalansı domuzlarda (%2,22), suda yaşayan hayvanlarda (%1,76), tavuklarda (%1,35) ve vahşi hayvanlarda (%1,13) %1,11'in (küresel ortalama) üzerindeydi.
Küresel düzeyde, eğilim şüphe götürmez bir şekilde çeşitli dalga şekillerinde yukarı doğru yönündedir. En endişe verici artış, şiddetli salmonelloz tedavisinde kritik öneme sahip bir antibiyotik sınıfı olan florokinolonlara karşı dirençte görülüyor. Bu artış özellikle Asya, Okyanusya ve Güney Amerika'da keskin. Farklı kaynaklara yakından baktığımızda endişe verici bir model ortaya çıktı: tavuklarda, yiyeceklerde, vahşi hayvanlarda ve çevrede direnç seviyeleri ve genom başına ortalama ARG sayısı hızla artıyor. Agona, Dublin, I 1,4 gibi serovarlar,[5],12:i:-, Muenchen, Senftenberg ve Mbandaka bu tehlikeli dalganın ön saflarında yer alıyor.
Küresel olarak, edinilen ARG'ler 1900-1950'de genom başına 1,16'dan 2020'den sonra genom başına 2,87'ye yükseldi. Genomik analize göre, tavuklarda, yiyeceklerde, vahşi hayvanlarda ve çevrede gözlemlenen yıllar geçtikçe genom başına ARG'lerin sayısı keskin bir şekilde arttı. Mobil genetik element analizi aynı zamanda bazı serovarlarda zaman içinde plazmit replikonlarının sayısında bir artış eğilimi olduğunu da göstermiştir; örneğin: S. Kentucky, S. Thompson, S. Mbandaka, S. Montevideo, S. Münih, S. Sainpaul, S. Heidelberg ve S. Dublin.
Ayrıca halka açık olarak da kullandık. S. bağırsak korelasyon analizi için genomik veriler ve 115 gösterge incelendi ve tarım ve kırsal kalkınma, iklim değişikliği, çevre, kentsel gelişim, altyapı, sosyoekonomik faktörler ve hem insanlarda hem de hayvanlarda antibiyotik tüketiminin AMR'nin evrimine katkıda bulunduğu belirlendi. Salmonella.
Bu çalışmanın sınırlılıkları nelerdir?
Değerli bilgiler sağlamasına rağmen, bu çalışma NCBI ve Çin Yerel Merkezimizden halka açık genomlara dayanıyordu. Salmonella Genom Veritabanı (CLSGDB v2, https://nmdc.cn/clsgdbv2), ülkeler/bölgeler içindeki farklı kaynaklardaki gerçek AMR seviyelerini yansıtmayabilir. Ayrıca kullandığımız genomik verilerde gecikme var. Gelecekteki çalışmalar, tek bir değişkenin etkisi nedeniyle Salmonella'daki AMR'nin evrimsel yörüngesini karşılaştırmayı düşünmelidir.
Sonuçlar
Bu çalışma, antimikrobiyal dirençliliğin değerli güncel genetik atlasını sunmaktadır. Salmonella Tüm dünyada insanları, hayvanları, gıdayı ve çevreyi kapsayan “Tek Sağlık” kavramıyla hareket ediyoruz. Bildiğimiz kadarıyla çalışmamız değerli bir büyük veri kataloğu ve AMR'nin zamansal ve mekansal dinamiklerini raporlayan sistematik bir çalışma sunmaktadır. S. bağırsak Altı kıtadaki 148 ülke/bölgedeki çeşitli kaynaklardan elde edilen veriler, küresel ölçekte farklı antimikrobiyal sınıflar arasındaki direncin mekansal-zamansal özelliklerine ilişkin veri boşluğunu dolduruyor. Bu çalışma, AMR'nin dinamik eğilimleri, gelişimi, aktarımı ve etkenleri hakkındaki anlayışımızı geliştirmektedir. Salmonella son 100 yılda. Bu veriler, aktarım dinamiklerini ve evrimsel yörüngelerini anlamak için değerli bilgiler sağlar. Salmonellave gıda kaynaklı hastalıklara yönelik müdahalelere öncelik veren ve antimikrobiyal dirençli hastalıkların yayılmasını önleyen halk sağlığı karar vericileri Salmonella.
Referans
1 GBD 2019 Antimikrobiyal Direnç İşbirlikçileri. 2019'da 33 bakteriyel patojenle ilişkili küresel ölüm oranı: Küresel Hastalık Yükü Çalışması 2019 için sistematik bir analiz. Lanset 4002221-2248, doi:10.1016/S0140-6736(22)02185-7 (2022).
2 Dünya Sağlık Örgütü. DSÖ bakteriyel öncelikli patojenler listesi, 2024: Antimikrobiyal direnci önlemek ve kontrol etmek için araştırma, geliştirme ve stratejilere rehberlik edecek halk sağlığı açısından önemli bakteriyel patojenler. Dünya Sağlık Örgütüdoi: https://www.who.int/publications/i/item/9789240093461 (2024).
3 Wang, YN, Liu, Y., Lyu, N., ve ark. Antimikrobiyal direncin zamansal dinamikleri Salmonella enterika ve Çin'deki baskın serovarlar. Natl Bilim Rev 10nwac269, doi:10.1093/nsr/nwac269 (2023).
4 Wang, YN, Xu, XB, Zhu, BL, ve ark. Yaklaşık 8.000 kişinin genomik analizi Salmonella Genomlar, Çin'deki antimikrobiyal direncin etkenlerini ve manzarasını ortaya koyuyor. Mikrobiyal Spektrumu 11e0208023, doi:10.1128/spectrum.02080-23 (2023).
5 Wang, YN, Xu, XB, Zhu, BL, ve ark. Gelişmiş Genomik Gözetim Etkili Olmak İçin Gereklidir Salmonella Salgın Müdahalesi. Çin CDC Haftalık 7880-881, doi:10.46234/ccdcw2025.151 (2025).
6 Wang, YN, Liu, Y., Zhu, BL, ve diğerleri. Salmonella enterika ST8333 Temmuz 2015 gibi erken bir tarihte izole edildi. Çin CDC Haftalık 71347-1349 (2025).
7 Seviye, PP, Pei, YH, Jiang, Y., ve ark. Antibiyotiğe dirençli tifo dışı genomik bilgiler Salmonella Şanghay'ın Minhang Bölgesindeki ayakta tedavi gören hastalardan izole ediliyor. İletişim Med 5228, doi:10.1038/s43856-025-00950-3 (2025).
Bir yanıt yazın